A riqueza natural da Mata Atlântica é demostrada por números que impressionam: 50% de espécies de árvores só são encontradas aqui. Este fenômeno, que a Ciência dá o nome de endemismo, chega a 70% no caso de espécies como as orquídeas e bromélias.
No caso da fauna, 39% dos mamíferos que vivem na floresta são endêmicos, como a preguiça (na foto ao lado). Mesmo percentual vale para a maioria das borboletas, répteis, anfíbios e aves. Mais de 15 espécies de primatas habitam a floresta, a maioria endêmica. Centenas de pesquisas procuram conhecer a biodiversidade da Mata Atlântica para melhor protegê-la. Estes estudos já revelaram que a destruição da floresta está provocando o desaparecimento de muitas espécies: das 202 espécies de animais brasileiros ameaçados de extinção, 171 são originários da Mata Atlântica
Em quase 500 anos de ocupação, o impacto da colonização, do extrativismo, da expansão das fronteiras agropecuárias e da urbanização sem controle, deixaram um rastro de destruição dramático: em 1500, os domínios da Mata Atlântica cobriam mais de 1 milhão de quilômetros quadrados (1.085.544 km2), 12% do território nacional. Em 1990, os remanescentes da floresta atingiam pouco mais de 95 mil quilômetros quadrados (95.641 km2), 8,81% da mata original. O levantamento mais recente feito em 1995 pelo Inpe – Instituto de Pesquisas Espaciais e pela SOS Mata Atlântica concluiu que cerca de 10% dos remanences foram destruídos na primeira metade da década de 90. Em São Paulo, a devastação reduziu para pouco mais de 7% (1.731.472 ha) a área coberta por florestas naturais que ocupavam 81,8% do território paulista (20.450.000ha).E a destruição não se limita às espécies de flora e fauna. O patrimônio étnico, cultural, histórico, arqueológico, arquitetônico, construídos ao longo de séculos pelas comunidades tradicionais que viviam na mata como os indígenas, os caiçaras, os quilombolas, os caboclos correm o risco de desaparecer junto com estas populações cada vez mais descaracterizadas ou expulsas de seus locais.